Последовательный порт
Если устройство, с которым вы хотите общаться, поддерживает что-то похожее на RS-232, вы можете использовать последовательный порт. Драйвер Linux для последовательного порта должен быть достаточен для всех приложений (вам не нужно иметь непосредственный доступ к порту, или же для этого нужно написать драйвер ядра); он достаточно универсален, т.к. использует нестандартные скорости обмена и т.д., так что у вас не должно быть проблем.
Для дополнительной информации см. руководство termios(3), исходные тексты драйвера (linux/drivers/char/serial.c), и http://www.easysw.com/~mike/serial/index.html.